ประวัติความเป็นมา
เดิมงานด้านการปลัดบัญชี รวมอยู่ในกรมการเงินทหารอากาศในส่วนของกองงบประมาณ กองวิเคราะห์การดำเนินงานและสถิติ และกองตรวจบัญชี ทำหน้าที่ฝ่ายอำนวยการของผู้บังคับบัญชาตลอดมาจนกระทั่งในปี ๒๕๑๙ เสนาธิการทหารอากาศในขณะนั้น คือ พล.อ.อ.พะเนียง กานตรัตน์ ซึ่งเป็นประธานกรรมการจัดสรรงบประมาณปี ๒๕๒๐ เห็นสมควรจัดตั้งหน่วยดำเนินการด้านงบประมาณแทนคณะกรรมการ จัดสรรงบประมาณ ดังนั้นจึงได้มีการจัดทำอัตราสำนักงานปลัดบัญชีทหารอากาศขึ้น โดยแยกงานด้านปลัดบัญชีออกจากกรมการเงินทหารอากาศ จัดตั้งเป็นอัตราเพื่อพลาง ตามคำสั่งกองทัพอากาศ(เฉพาะ) ที่ ๒๓๖/๑๙ ลงวันที่ ๙ พฤศจิกายน พ.ศ.๒๕๑๙ เรื่อง ให้ใช้อัตราสำนักงานปลัดบัญชีทหารอากาศ(เพื่อพลาง) ให้ดำเนินการเกี่ยวกับการบริหารทรัพยากร การงบประมาณ การเงิน การบัญชี การตรวจบัญชี การวิเคราะห์การจัดดำเนินงาน การสถิติ ตลอดจนควบคุมตรวจตรากิจการปลัดบัญชีของกองทัพอากาศ
ต่อมาในปี ๒๕๒๑ ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการและกำหนดหน้าที่ของส่วนราชการกองทัพอากาศ กองบัญชาการทหารสูงสุด กระทรวงกลาโหม พ.ศ.๒๕๒๑ กำหนดให้สำนักงานปลัดบัญชีทหารอากาศ เป็นส่วนราชการขึ้นตรงกองทัพอากาศ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ ๙๕ เมื่อวันที่ ๑๓ มิถุนายน พ.ศ.๒๕๒๑ ทั้งนี้มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันถัดจากวันประกาศในราชกิจจานุเบกษาเป็นต้นไป ดังนั้น จึงถือได้ว่า วันที่ ๑๔ มิถุนายน ๒๕๒๑ เป็นวันสถาปนาสำนักงานปลัดบัญชีทหารอากาศ